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A pesar del escaso peso demográfico y económico de Jafre a lo largo de la historia, el pueblo no se ha librado de las penurias derivadas de las contiendas bélicas que enfrentaban a la nobleza catalana, o por las periódicas guerras con los ejércitos de la vecina Francia. En el año 1389, en el contexto de las tensiones existentes entre el rey Pedro de Aragón y Jaime III de Mallorca, las tropas del conde de Armanyach invaden el Ampurdan. El día 7 del mes de noviembre la ciudad de Gerona comunica al rey la entrada de compañías extranjeras en el Roselló y Conflent ( hoy en día francesas pero que en aquel momento eran catalanas ) así como en la Cerdaña. El día 18 el ejército del conde ya estaba en Medinya y por el camino había conquistado las poblaciones de Ventalló, Torroella de Fluvià, Saus, Torroella de Montgrí, Ullà, Verges, Jafre y Colomers. Según el historiador Julián de Chia, los hombres del conde cometieron "en todas partes abominables excesos". Posteriormente los refuerzos enviados por el heredero Joan II forzaron la retirada del ejército francés.
En el año 1462, durante la llamada guerra civil catalana librada entre los ejércitos de Joan II y los de la Generalitat, Jafre fue escenario de uno de los hechos mas sangrientos de su historia. Esta guerra duró diez años y enfrentaba al bando realista ( formado por remences, menestrales, barones de la corte y algunos nobles ) con el bando del Consell del Principat integrado por la burguesía barcelonesa, aliada con barones y nobles, y un sector popular adicto al desaparecido Carles de Viana, hijo de Joan II. De composición heterogénea, la cohesión de ambos bandos se fundamentaba en razones que iban mas allá de la ideología.
El pacto subscrito entre el rey Joan II y Luis XI de Francia por un lado, y entre el Consell del Principat  y el rey de Castilla por otro, no hizo mas que aumentar la tensión y extender aun mas el impacto del conflicto.
En el caso concreto de Jafre parece que las numerosas incursiones que realizaban los soldados franceses en busca de alimentos y forrajes exasperaron a los vecinos, que mataron hasta treinta soldados franceses pertenecientes al ejército de Luis XI y por tanto aliados del rey Joan II. Cuando los franceses encontraron los cuerpos sin vida de sus compañeros enterrados en los pajares de algunas casas, se dirigieron a la reina Joana, que se encontraba en aquellas fechas alojada cerca de Colomers con su hijo Ferran, exigiendo el derecho de venganza. 
Finalmente, parece que se ejecutó a quince vecinos de Jafre según el testimonio de Pere Figueres, consejero de Barcelona.
La guerra civil terminó en el año 1472 con la victoria de las tropas del rey Joan II y la firma de la capitulación de Pedralbes.
Casi dos cientos años mas tarde, en la llamada guerra dels Segadors, el pueblo de Jafre sufrió otra vez la acción del ejército francés. Tal y como señala Maruja Arnau, en 1654 las tropas francesas acamparon cerca de Jafre y ocasionaron algunos destrozos en el santuario de la Font Santa. Pocos años mas tarde, concretamente en el año 1684, el ejército francés que asediaba Gerona hizo una incursión por estos lugares. El párroco Mossen Baldiri Quer hizo constar en los libros parroquiales que a primeros de junio de 1684 en los bacines de la iglesia solo había siete reales de plata y que los responsables este hecho eran las tropas francesas.

Pere Figueres, consejero de Barcelona, escribe el 24 de agosto de 1462 a sus compañeros del Consell Barceloní explicándoles los hechos acontecidos en Jafre

"E la reyna, vahent los ffrancesos axí collorosos, los dix pus així era, los dava la villa e gents da saco, de que decontinent los ffrancesos comensaren a còrrer la dita villa de Jàffer; e primerament la casa de mossèn Jàffar, los uns scalant-li la casa, los altres matent foch a la porta; e així lo dit Mossèn Jàffar ( Bernat Guillem de Jafre ) deffensant la sua casa és stat ferit de un pessador en la cara, del qual és mort. E los ffrancesos, qui han més foch a la porta, hi han dat ten bon recapte que com los altres són entrats per dalt tots los sotres son stats consentits del foch e los qui eren ja dins casa, los quals eren entorn XXXX, se'n són entrats ab los sostros que no n'a scapat sinó un; així dels ffrancesos hi han morts entorn LXX e ells han corregut tot Jàffar e han degollats tots los hòmens que si són trobats, excepte VII; los morts poden ésser entorn XV e béns."