Con la muerte de Francisco I de Francia, en 1547, terminó la tolerancia para la labor francmasónica iniciada por Leonardo Da Vinci y principió una era de persecución, organizada por el clero a raíz de la contrarreforma.

Los hombres sabios, los artistas y los sospechosos por su afiliación a las agrupaciones francmasónicas, perseguidos por el clero y especialmente por los jesuitas, se vieron obligados a refugiarse en las zonas fuera de la influencia de éstos.

Inglaterra fue, por diversas causas, el lugar más apropiado y más seguro para los francmasones desde 1558, cuando subió al trono Isabel I (1533 - 1603), de la Casa Tudor, hija de Enrique VIII y de Ana Bolena.  Por estas causas, el centro de la actividad francmasónica se trasladó a Londres.

En la primera mitad del siglo XVI, la Masonería Operativa, que estaba bien organizada y adelantada intelectualmente, organizó el movimiento francmasónico inglés aprovechando la participación activa de Tomás Moro (1478 - 1535), Gran Canciller de Enrique VIII, hombre progresista y el servidor público más honrado del reino, habiéndose conformado el primer grupo francmasónico en 1525.

La muerte de Moro, aunque afectó a la francmasonería no la hizo desaparecer.  El reinado de Isabel I, de 1558 a 1603, fue favorable al desarrollo del movimiento francmasónico, debido a que muchos prominentes francmasones llegaron a ocupar puestos de responsabilidad en el gobierno y otros francmasones se distinguieron como hombres de ciencia, filósofos, historiadores, poetas, entre ellos Francisco Bacon (1561 - 1626) y Guillermo Camden (1551 - 1623), quienes secretamente dirigían la francmasonería inglesa y la preparaban para lo que fue la gloriosa jornada del siglo XVII.

El establecimiento en 1629, de la dictadura del rey Carlos I (1600 - 1649), de la católica Casa de los Estuardo, marcó una nueva era para la francmasonería inglesa, que agrupaba a los elementos progresistas que se oponían al gobierno monárquico. Durante dos meses se reunieron en logia los directores de la oposición, después de la disolución del tercer Parlamento por Carlos I, habiéndose examinado detenidamente tanto la situación política y los medios para combatirla.

Después de muy largos debates, se llegó al acuerdo unánime respecto a estos puntos:

1) Reorganizar la Francmasonería Inglesa excluyendo de su seno a los elementos sospechosos por su simpatía con el clero y la nobleza.

2) Agrupar en logias a los directivos del movimiento revolucionario, tanto de las ciudades como en las poblaciones del interior del país, con el objeto de coordinar los trabajos de organización de las masas descontentas con el gobierno dictatorial.

3) Proclamar como principio básico de la Francmasonería de Inglaterra la lucha por la abolición de la monarquía y el establecimiento de la república.

4) Propagar la necesidad del movimiento revolucionario popular para derrocar la tiranía y castigar severamente a los culpables.

5) Adiestrar secretamente a un ejército para la defensa del Parlamento, reclutado entre la población descontenta y perseguida por sus creencias religiosas y por su rebeldía a pagar los impuestos del Gobierno no autorizados por las Cámaras.

Diez años trabajaron intensamente las logias preparando en secreto a los hombres destinados a asestar el golpe mortal a la monarquía.

El Ilustre Hermano Oliverio Cromwell (1599 - 1658) figuraba como comandante del 67 Escuadrón compuesto de los "Hermanos Rojos".  El pueblo acudió inmediatamente con dinero y diferentes valores en ayuda del Parlamento y mientras las personas de alta posición y el clero ayudaban a Carlos I, el 23 de octubre de 1642 comenzaron las hostilidades de Edge-Hill, batalla que terminó en victoria para los realistas, pero en mayo cambió la situación con la batalla de Granthan, en la que triunfaron los parlamentarios debido a un audaz ataque de los "Costillas de Hierro" y la caballería de los "Cabezas Redondas" bajo el mando de Cromwell.

Los presbiterianos, al verse desplazados, pidieron el apoyo de los escoceses, armaron un nuevo ejército bajo el mando del duque de Hamilton y emprendieron la marcha hacia Inglaterra.

Cromwell salió a combatir el nuevo brote reaccionario, derrotó a Hamilton y penetró en Escocia.  El 9 de octubre de 1648 la Cámara recibió el informe de la terminación de la campaña y de la renovación del Parlamento escocés en forma favorable para la unión entre Inglaterra y Escocia.

Cuando Cromwell volvió de Escocia trajo muchas pruebas relativas a la traición de los presbiterianos.  Inmediatamente fueron convocados los directivos de las agrupaciones francmasónicas y se puso a discusión el futuro plan de la acción de la francmasonería inglesa.  Se llegó a la conclusión unánime de que solamente con la desaparición del Rey y la proclamación de la República quedarían a salvo los principios por los que el pueblo combatió durante siete años.

Procesado y juzgado el Rey Carlos I, el 23 de enero de 1649, fue decapitado en Whitehall, lo que constituyó el primer paso para el establecimiento de la República.

Mientras se estabilizaba el nuevo régimen en Inglaterra, el clero y los monárquicos provocaron un levantamiento armado en Irlanda y otra rebelión en Escocia, llamando para encabezarla al príncipe de Gales, al que proclamaron rey con el nombre de Carlos II (1630 - 1685).

Después de muchas batallas, Cromwell logró aniquilar la rebelión monarquista el 3 de septiembre de 1651 en Worchester, siendo ésta la última batalla en la lucha por la República Inglesa y aunque Carlos II, quien dirigía la batalla, logró huir a Holanda, murieron 25 lores juntamente con el duque de Hamilton y el duque de Roshe.

Estabilizado el régimen republicano, la francmasonería reunió a todos los agremiados y en esta reunión se resolvió encaminar las actividades a las labores constructivas como en los tiempos normales.  Fue proclamado Cromwell como su director principal "ad vitam" y se rindió honores a sus colaboradores muertos y a los que lo acompañaron hasta la última batalla.

En esta reunión fue redactada definitivamente la "Carta de Constitución de la Francmasonería Inglesa", aprobada en Londres en 1651, la que posteriormente fue aceptada en calidad de "Límites" o "Landmarks" de la Francmasonería Universal, en sustitución de los "Principios básicos de la Francmasonería" aprobados en París en 1523.  Consistió esta reforma en la modificación de los artículos 13, 16 y 17, precisando los objetivos más adecuados para la época moderna, quedando como sigue:

13)  Por la implantación de la educación laica en las escuelas.

16)  Por la abolición de la esclavitud humana. Y

17)  Por la abolición de la monarquía y el establecimiento de la república.

La lucha contra las monarquías y a favor del establecimiento de la República como régimen ideal, tuvo una gran influencia en las luchas políticas de Europa y originó la idea de fundar la República Norteamericana y, posteriormente, la formación de las Repúblicas Latinoamericanas.

Los enemigos del progreso no descansaban en su labor destructiva, pero mientras vivía Cromwell ellos recibían ejemplar castigo; más el 3 de septiembre de 1658 murió el Protector de la República y lo sucedió en el puesto su hijo Ricardo Cromwell (1626 - 1712), por nombramiento hecho por el Consejo de Estado.

Ricardo no tenía la experiencia para gobernar un pueblo, por lo que los enemigos de la República se aprovecharon de esta circunstancia y se apoderaron del gobierno y lo hicieron abandonar el protectorado.  Carlos II (1630 - 1685) restauró la monarquía en 1660 y liquidó la república.  Los francmasones y todos sus aliados progresistas fueron cruelmente perseguidos y por orden de Carlos II fueron profanadas las tumbas de Cromwell, Bradsaw, Ireton y Pride, cuyos cuerpos fueron colgados en horcas durante varios días para sembrar el terror y sus cabezas fueron clavadas sobre la entrada de Westminster.  Esto sucedió el 14 de febrero de 1661.